Im Universitätsverbund Halle - Jena – Leipzig werden eine Vielzahl von Forschungsvorhaben gemeinsam bearbeitet. Besonders sichtbar sind die großen Verbundvorhaben in den Naturwissenschaften und der Medizin, wo über viele Jahre gemeinsam geforscht wird. Zu nennen sind hier beispielsweise die Protein- und Biodiversitätsforschung, die Forschung an Grenzflächen und die Regenerative Medizin.

Gemeinsame Sonderforschungsbereiche

Die Universität Leipzig und die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg unterhalten gemeinsam zurzeit drei Sonderforschungsbereiche und einen Sonderforschungsbereich / Transregio. Die Einwerbung von Sonderforschungsbereichen ist besonders attraktiv, weil über einen Förderzeitraum von bis zu zwölf Jahren Wissenschaftler unterschiedlicher Disziplinen im Rahmen fächerübergreifender Forschungsprogramme mit hervorragender Ausstattung zusammenarbeiten. Nach jeweils vier Jahren werden sie einer strengen Begutachtung durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft unterzogen.

• SFB 586 - Differenz und Integration: Wechselwirkungen zwischen nomadischen und sesshaften Lebensformen in Zivilisationen der Alten Welt
• SFB 610 - Protein-Zustände mit zellbiologischer und medizinischer Relevanz
• SFB 762 - Funktionalität Oxidischer Grenzflächen
• TRR 102 „Polymers under Multiple Constraints: Controlled Organisation and Restricted Dynamics“

Die Friedrich-Schiller-Universität Jena und die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg betreiben gemeinsam den Sonderforschungsbereich 580.

• SFB 580 „Gesellschaftliche Entwicklungen nach dem Systemumbruch. Diskontinuität, Tradition und Strukturbildung“

Gemeinsame Graduiertenkollegs

Graduiertenkollegs richtet die Deutsche Forschungsgemeinschaft auf Antrag und nach Begutachtung zur Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses im Rahmen eines koordinierten, von mehreren Hochschullehrern getragenen Forschungs- und Studienprogramms ein. In dem von der Universität Leipzig und der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg gemeinsam betriebenen Sonderforschungsbereich 610 ist eingebunden das

• Integrierte Graduiertenkolleg „Protein Science“

Außerdem existiert eine Vielfalt gemeinsamer Forschungen an Einzelprojekten an denen Wissenschaftler der drei Universitäten gemeinsam arbeiten.